三国志3群雄起源游戏中共有四种模式，分别是史实模式、涅盘模式、幻象模式和降龙模式。每种模式在武将设定上有所不同，玩家可以根据自己的喜好选择适合的模式进行游戏。
1. 史实模式：武将死后不能复活，武将出仕的城市为历史上的原城市。这意味着玩家能够获得武将的数量有限，难度较大。
2. 涅盘模式：武将可以无限复活，复活时间是在第二年的七月，复活后出现在出仕的城市附近。复活后的武将物理、智力、品德、等级全部复原到游戏的初始数值。
3. 幻象模式：武将可以无限复活，武将的出仕城市随机。武将死亡后下次复活时，武力和智力都将被系统重新赋予一个数值。
4. 降龙模式：AI之间的战争武将不会死亡，武将可以无限复活，复活后的属性不变。武将出仕的城市为历史上的原城市。
在游戏中，玩家可以利用君主手下太守的忠诚度变化来削弱敌对AI势力的实力，或者获得自己想要的武将。