国家植物园南园和北园的区别主要有以下几点：
1. 开放时间：南园的开放时间是8:00至17:00，而北园的开放时间在3月16日至11月15日是6:00至21:00，11月16日至3月15日是6:30至19:00。
2. 票价：南园没有单独售票，购买国家植物园门票可以游览南园和北园，票价是10元，半价票5元。而北园有单独售票，全价票5元、半价票2.5元，北园成人套票50元、半价票25元(含北园大门、展览温室、卧佛寺)，仅可游览北园区。
3. 包含景点：南园的主要景点包括热带亚热带植物展览温室、裸子植物区、水生与藤本植物区、桑榆科植物区、牡丹园、宿根花卉园、紫薇园、月季园、珍稀濒危植物区、蔷薇科植物区、农事体验园、壳斗科植物区、环保植物区、豆科植物区、本草园、丁香园。而北园的主要景点包括展览温室、盆景园、紫薇园、绚秋苑、丁香园、宿根花卉园、集秀园、牡丹园、芍药园、桃花园、月季园、梅园、海棠园、卧佛寺等。