目的基因的检测与鉴定主要有以下三种方法：
1. PCR（聚合酶链反应）方法：通过特异的引物结合目的基因的特定序列进行复制，获得大量的产物，再经染色，可以用来检测特定基因的存在、表达量等信息。经过选择性引物设计，可以进一步发掘基因的差异表达和突变，从而弥补测序鉴定方法的不足。
2. Southern Blotting（南方杂交）方法：可以检测和鉴定目的基因的特定标志物（可以是基因的特定序列，例如同源性，有结构变化的序列），在使用Southern blotting方法时，先要使用体外DNA杂交，将原始DNA与特异性引物结合，再利用特异的DNA杂交来检测目的基因的特定标志物。
3. DNA测序方法：可以检测和鉴定目的基因的序列。测序可以用来分析基因组上面特定基因的完整序列，例如对基因组组成进行完整分析，以及检测细微的突变，如点突变、插入缺失等。
每种方法都有其自身的长处，根据不同的需求，可以相结合的使用来检测和鉴定基因的特性。