酵母菌具有典型的真核细胞结构，包括细胞壁、细胞膜、细胞核、细胞质、液泡和线粒体等。细胞壁主要由酵母纤维素组成，具有一定的弹性和韧性，保护细胞形态，抵防外界的渗透压力，保护细胞膜。细胞膜主要由磷酯化合物、蛋白质、少量的糖类、脂类等物质组成，有选择地从培养基中吸收各种营养物质，排出代谢产物，对细胞的代谢和生理活性起作用。细胞核主要由核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）组成，作为细胞“信息”控制的中心和物质代谢的控制室，在细胞的繁殖和遗传上起着“核心”作用。
酵母菌的生理功能主要是将糖发酵成酒精和二氧化碳。此外，酵母菌还具有抗氧化、抗衰老、抗肿瘤、预防动脉硬化等作用，提高人体的免疫力。在食品和医药领域，酵母菌也有广泛的应用，如面包、蛋糕、饼干和烤饼等食品的制作，以及治疗消化不良症等。