真核生物的启动子结构主要包括以下部分：
1. TATA框（TATA box）：位于转录起点上游25-30区，有一与原核生物的Pribnow框相似的富含AT碱基对的TATA盒，其功能与原核启动子的Pribnow框相似，决定RNA聚合酶II的位置，控制转录起始的准确性及效率。
2. CAAT框（CAAT box）：位于转录起点的上游约75bp处，共有序列为GGC(或T)CAATCT。
3. 上游原件：大多数真核基因启动子上游距帽位点约80-220 bp处，都存在上游原件，其中有CAAT 盒、GC盒等，它们的保守序列与结合蛋白因子也各不相同，可以大大提高的基本启动子的低水平转录活性。
4. 增强子：有的启动子含有远距离的调控元件，如增强子，它可以控制转录效率和选择起始位点。
需要注意的是，真核生物的启动子结构不恒定，有的启动子缺少其中的某一结构，有的RNA聚合酶和启动子的结合还需要其他辅助因子参与。