大肠杆菌在显微镜下的形态特征如下：
1. 细胞形状：大肠杆菌的细胞呈长杆状，通常约为2至6微米长，大约0.5微米宽。在光学显微镜下，这些杆状细胞排列整齐，通常可清晰可见。
2. 细胞壁：大肠杆菌的细胞壁由多层不同的结构组成，包括细胞膜、细胞壁和外膜。这些层次的存在使其成为革兰氏阴性细菌。
3. 运动性：大肠杆菌通常具有鞭毛，它们可以帮助细菌在液体中游动。但在显微镜下，鞭毛比较短小，数量也不多，一般在5条以下。
4. 染色体：大肠杆菌的染色体是一个圆形、双链的DNA分子，包含了细菌的遗传信息。但在光学显微镜下，染色体通常不可见，因为DNA分子太小而无法清晰可见。但在某些情况下，可以使用荧光染料来标记DNA，使其可见。
5. 生长环境：大肠杆菌是人体中正常存在的菌群，和人体是共同生存互相利用的关系。