香港版和大陆版的安宫牛黄丸的主要区别在于产地和功效：
1. 产地不同：香港马百良安宫牛黄丸是同仁堂股份有限公司的产品，而北京同仁堂安宫牛黄丸是同仁堂科技有限公司的产品。
2. 功效不同：香港马百良安宫牛黄丸的功效效果一般，可以治疗比较轻的病情。北京同仁堂安宫牛黄丸的效果更好，可以缓解稍重些的病情。
需要注意的是，安宫牛黄丸主要功效为清热解毒、镇惊安神、豁痰开窍，适用于高热神昏，烦躁、谵语、小儿惊厥等病症。