经济合作社和村委会在性质、职责和组成方面存在显著差异：
1. 性质不同：村委会是代表村民利益的基层群众性自治组织，负责村民自治和社区管理；经济合作社则是农村集体经济组织，负责农村经济合作和服务。
2. 职责不同：村委会主要负责村民自治和社区管理，包括协调相关事务、促进农村稳定发展等；经济合作社则主要负责农村经济合作和服务，包括农民互助、从事经济活动和组织生产等。
3. 组成不同：村委会由经过村民民主选举产生的委员和主任、副主任组成；经济合作社则由合作社会员组成，农民加入合作社。
此外，村委会可以管理村经济合作社，而村经济合作社也管理着村里的经济状况和农业经营问题。如果没有村农业集体经济组织的，就应该交由村委会来管理和经营。