三氧化硫的毒性大于二氧化硫。
三氧化硫具有强腐蚀性，排入大气中形成酸雨，是PM2.5的前驱体，能见度降低和加剧雾霾天气的重要原因之一。而二氧化硫虽然在空气中积累到一定程度后对生物有害，但其毒性相对较小。
需要注意的是，三氧化硫在常温下是固体，扩散性和传播性不高，而二氧化硫是气体，具有还原性，可以大量破坏臭氧层。因此，尽管三氧化硫的毒性较大，但在实际环境中，二氧化硫的危害也可能更大。