影响种群基因频率的因素主要包括以下几个方面：
1. 基因突变：基因突变是改变群体遗传组成的原始材料，没有突变，则等位基因的重组和非等位基因的重组无从发生作用。突变本身也会改变基因频率。
2. 染色体变异：染色体变异可以引起基因数量的变化，从而影响种群的基因频率。
3. 自然选择：自然选择是决定种群基因频率改变方向的重要因素。过度繁殖是自然选择的前提，生存斗争是自然选择的手段和动力，遗传变异是自然选择的内因和基础。
4. 遗传漂变：在小的种群中，基因频率可因偶然的机会，而不是由于选择，而发生变化，这种现象称为遗传漂变。
5. 基因重组：基因重组是改变群体遗传组成的重要方式，它提供遗传变异的原始材料，没有基因重组，则等位基因的重组和非等位基因的重组无从发生作用。
6. 迁移：迁移包括迁入和迁出，它可以引起基因数量的变化，从而影响种群的基因频率。