有机化合物基团的命名顺序主要遵循以下原则：
1. 将单原子取代基按原子序数大小排列，原子序数大的顺序在前，原子序数小的顺序在后。在有机化合物中常见的元素顺序如下：I>Br>Cl>S>P>F>O>N>C>D>H。在同位素中质量高的顺序在前。
2. 如果两个多原子基团的第一个原子相同，则比较与它相连的其它原子，比较时，按原子序 数排列，先比较最大的，仍相同，再顺序比较居中的、最小的。
3. 含有双键或三键的基团，可认为连有两个或三个相同的原子。
4. 若参与比较顺序的原子的键不到4个，则可以补充适量的原子序数为零的假想原子，假想原子的排序放在最后。
5. 在官能团优先原则中，羧酸衍生物在前，其次到醛和酮，再往后到碳碳双键和三键，再往后就只能是取代基的卤素和硝基了。顺序如下：-COOH > -SO3H > -SO3NH2 > -COOCO- > -COOR > -COX > -CONH > -CN > -CHO > -CO- > -OH > -NH2 > -O- > -S- > >C=C< > -C≡C- > -R > -X > -NO2。