参考文献第一行和第二行对不齐的原因可能是编号后的间隔导致的，解决方法如下：
1. 选中参考文献，然后在Word的“开始”菜单栏中点击“段落”，在弹窗中点击“中文版式”，勾选“允许西文在单词中间换行”，然后点击“确定”。
2. 单击参考文献前面的任意一个自动编号，选中整个参考文献列表，然后在调整列表缩进或段落设置中设置文本缩进或悬挂缩进，使参考文献的第二行与第一行对齐。
3. 可以使用标尺来快速确定文本缩进量，按住Alt键，拖动标尺下面的小三角，直至光标所在的那一行文献上下对齐，然后选中这个已经对齐的参考文献，在段落中查看对齐时的文本缩进量是多少，将所有序号选中后，调整文本缩进量或者悬挂缩进量。
4. 如果上述方法仍然无法对齐，可以尝试调整“悬挂缩进”的大小，使其符合格式要求。