控制器母线电流和相线电流的区别主要在于电流的来源和用途。相线电流指的是电机相线上的电流，而母线电流是电池母线上的电流。在发电厂或变电所中，母线电流和相线电流分别指“控制小母线”电流和“合闸小母线”电流。前者是断路器控制回路，电流一般几个安培；后者是断路器电磁合闸线圈回路，瞬间电流上百安培，都是直流回路。母线是配电箱（柜）中的总相线，又称母排，而相线是供电线路上的使用称呼，可以用裸线或绝缘线。总之，母线电流和相线电流的区别主要在于电流的来源和用途，以及它们在电力系统中的连接方式。