硝化菌胶囊的正确使用方法如下：
1. 使用前摇匀硝化细菌胶囊。
2. 每周用量：每10毫升超浓缩硝化细菌胶囊可放入70升水中。
3. 新设鱼缸使用量：在前两周，每7天每10毫升放入35升水中，两周后，照常使用。
4. 不能和消毒杀菌的药物一起使用。
5. 注意调整适宜细菌生长的温度，例如，光合细菌可以在23--29℃范围内正常生长和繁殖。
6. 添加后留意熄灯爆氧，由于硝化细菌归属于好氧性细菌，并且不喜欢光，这样能够让它尽早生长发育繁衍。