大肠杆菌在显微镜下的形态主要包括以下特点：
1. 细胞形状：大肠杆菌的细胞呈长杆状，通常约为2至6微米长，大约0.5微米宽。这种长形的细胞是典型的杆菌形状。
2. 细胞壁：大肠杆菌的细胞壁由多层不同的结构组成，包括细胞膜、细胞壁和外膜。这些层次的存在使其成为革兰氏阴性细菌。
3. 运动性：大肠杆菌通常具有鞭毛，它们可以帮助细菌在液体中游动。但需要注意的是，大肠杆菌的鞭毛比较短小，数量也不多，在5条以下，没有芽孢。
4. 染色体：大肠杆菌的染色体是一个圆形、双链的DNA分子，包含了细菌的遗传信息。在光学显微镜下，大肠杆菌的染色体通常不可见，因为DNA分子太小而无法在光学显微镜下清晰可见。但在某些情况下，可以使用荧光染料来标记DNA，使其可见。
5. 菌体颜色：大肠杆菌在经过革兰氏染色后会呈现出粉红色，红色的杆状菌。
6. 分布：大肠杆菌一般是单独或成组分布，不呈链条式分列。