百度网盘自动更新文件夹的方法如下：
1. 在电脑上打开百度网盘，点击右上角的齿轮图标。
2. 在打开的列表中选择设置图标。
3. 点击页面左上角的基本设置。
4. 点击管理自动备份的文件夹，右侧的管理图标。
5. 在电脑文件夹中选择想要备份的文件夹，点击选中，然后点击打开即可。
需要注意的是，百度网盘的自动更新功能仅针对源链接、一对一分享文件库和网盘群的文件库更新。当分享人在发给你的文件夹中上传了新的内容后，你需要重新进入发给你的原链接或在一对一对话框的右上角文件库查看更新情况。