广州地铁18号线的发车间隔根据运营模式和高峰期有所不同。
1. 大站停列车：仅停靠万顷沙、横沥、番禺广场、冼村、广州东站5个站，发车间隔在6至10分钟一班车。
2. 站站停列车：发车间隔在10分钟左右。
3. 早高峰期间：大站停列车每小时开出3对，站站停列车每小时开出6对。
4. 晚高峰期间：大站停列车行车间隔由37分30秒压缩至35分钟。
5. 普通车最小行车间隔：将压缩至4分22秒。