真核生物的启动子序列主要包括以下两个保守序列：
1. TATA框（TATA box）：位于转录起始点上游约20-30bp处，共有序列为TATAA(或T)AA(或T)。
2. CAAT框（CAAT box）：位于转录起始点上游约75bp处，共有序列为GGC(或T)CAATCT。
需要注意的是，并不是所有的启动子都具有以上典型的结构，有些启动子缺少其中的某一结构，有的RNA聚合酶和启动子的结合还需要其他辅助因子参与。