灵隐寺十八籽手串的三代之间主要的区别体现在以下几个方面：
1. 材质：第一代的十八籽主要使用的是雪花石，而第二代和第三代则使用的材质更加多样化，包括水晶、玛瑙、紫砂等多种不同的石材。
2. 手工工艺：第一代手串的制作工艺相对简单，只有基本的编织和打结，而第二代和第三代手串则采用更为精细的手工工艺，例如手雕、琢磨等，使得手串更加精美。
3. 设计风格：第一代手串的设计相对简单，一般只有单一颜色的编织，而第二代和第三代则设计更加多样化，包括各种图案和颜色的搭配，使得手串更具艺术性和时尚感。
4. 功效：18籽手串一直以来都被认为有着镇宅、辟邪的功效，而第二代和第三代手串则融入了更多的元素和文化内涵，例如风水、佛教等，拥有更为丰富的功效和意义。
5. 代表性元素：第一代的十八籽中有一颗大珠珠叫做大天意，第二代的十八籽把大天意换成了紫金钵盂，第三代的十八籽是太阳石版，有两颗小尾珠，尾珠叫老山檀。