继发性主动转运和原发性主动转运的主要区别在于能量来源和转运方式：
1. 能量来源：原发性主动转运的能量来源于ATP的直接分解，而继发性主动转运的能量则来自原发性主动转运所形成的离子浓度梯度。
2. 转运方式：原发性主动转运的载体蛋白是ATP酶，可以将结合的ATP进行水解产生的能量直接用于底物的主动转运，如Na+-K+泵、Ca2+泵和质子泵等。而继发性主动转运的载体蛋白是共转运体，其主动转运所需的能量不是直接来自ATP的水解，而是来自原发性主动转运所形成的某些离子的浓度梯度，如钠泵动形成的膜两侧Na+浓度差。当这些共转运体在离子浓度差推动下将结合的离子顺浓度梯度运时，也同时将结合的其他底物逆浓度差完成跨膜转运，如Na-葡萄糖同向转运、Na+-Ca2+交换、Na+-H+交换等。
需要注意的是，两者都需要借助膜上的载体蛋白，逆着电-化学梯度进行跨膜转运，都要消耗能量。