在Excel中，按性别分类汇总平均分可以通过以下步骤实现：
1. 选中需要分类汇总的单元格，点击“数据”选项卡，选择“筛选”工具组中的“自动筛选”。
2. 在性别那里的下拉三角选中男或女，用求和算出所有男生或女生的各科总分，除以人数得到各科平均分。
3. 同样处理另一性别的数据，即可得到男女的平均值。
需要注意的是，使用分类汇总时，要确保数据已经按照性别进行排序。