是的，银行卡通过柜台转账可以加备注。但在转账过程中，收款人是看不见备注的。如果想要收款人收到备注，可以使用网上银行汇款，之后选择通知收款人，收款人就可以接到协议备注的短信通知。
需要注意，不同银行的转账限额可能有所不同。例如，农业银行柜台转账没有限额，而农行网银单笔转账限额100万元，日累计限额500万元。