半坡遗址和河姆渡遗址的区别主要表现在以下几个方面：
1. 自然环境：半坡遗址位于黄河流域，气候干燥，河流较少；而河姆渡遗址位于长江流域，气候湿润，河网密布。
2. 主要农作物：半坡遗址的农作物是粟；而河姆渡遗址的农作物主要是水稻。
3. 建筑形式：半坡遗址的建筑形式主要是半地穴式房屋；而河姆渡遗址的建筑形式主要是干栏式房屋。
4. 陶器：半坡遗址烧制彩陶；而河姆渡遗址烧制黑陶。
5. 距今时间：半坡遗址距今约五六千年；而河姆渡遗址距今约七千多年。
尽管存在这些差异，两者都处于新石器时期，都使用磨制石器，且都属于母系氏族公社时期。