微生物基因重组的三种方式包括转化、转导和接合。具体定义如下：
1. 转化：受体菌直接吸收了来自供体菌的DNA片段，通过交换整合到自己的基因组中，从而获得部分新的遗传型状的现象。
2. 转导：通过完全缺陷或部分缺陷噬菌体的媒介，把供体细胞的DNA小片段携带到受体细胞中，通过交换与整合，使后者获得前者部分遗传形状的现象。
3. 接合：供体菌通过性菌毛传递不同长度的单链DNA给受体菌，在后者细胞中发生交换、整合，从而使后者获得供体菌的遗传性状的现象。
这些方式在原核微生物中自然发生，而真核微生物中还有其他基因重组方式，如有性杂交、准性杂交和酵母菌质粒转移等。