巴以冲突的主要原因主要包括以下几点：
1. 领土争端：以色列和巴勒斯坦都声称对某些地区拥有主权，这导致了持续的冲突。
2. 耶路撒冷地位问题：以色列和巴勒斯坦都声称耶路撒冷是他们的首都，这导致了进一步的冲突。
3. 历史根源：巴以冲突有着深刻的历史根源，早在公元前13世纪，以色列人的祖先（希伯来人）从阿拉伯沙漠地区来到巴勒斯坦地区，在这里建立了国家，然而这个地区先后遭受过亚述、巴比伦、波斯和罗马的侵占和破坏，其中公元1世纪罗马人的侵占导致了大批以色列人（即犹太人）流亡外地。
4. 宗教与文化冲突：巴勒斯坦地区的巴勒斯坦人主要信奉伊斯兰教，而以色列的犹太人则信仰犹太教。这两个宗教在信仰体系、圣地和历史上存在着明显的冲突。
5. 缺乏信任和谈判：巴以冲突的根源还在于双方的缺乏信任和谈判的困难。过去的和谈努力并没有取得重成果，因为双方在核心问题上的分歧较大。
6. 外交与国际环境：美国长期奉行的不公正的中东政策，是巴勒斯坦问题长期得不到公正解决的重要原因。